生理痛が長く続く場合や、生理後まで続く場合は、子宮に何らかの病気がある可能性が高くなります。また、急に生理痛が起こるようになった場合も注意が必要です。多くは20代以上で起こり、加齢とともに強まっていく傾向があります。
器質性月経困難症を引き起こす三大疾患は、子宮内膜症、子宮筋腫、子宮腺筋症です。まれに、子宮や卵管、卵巣の感染症である骨盤腹膜炎により症状が出ることもありますが、この場合は生理に関係なく腹痛などが起こります。また、子宮筋腫は、生理に関係なく痛みを起こすこともあります。